Всегда ли Spring находит класс, помеченный аннотацией @Configuration?

Нет, не всегда. Spring обнаруживает классы с @Configuration только при соблюдении условий:

1. Класс находится в пределах сканируемых пакетов. Область сканирования задаётся @ComponentScan или определяется расположением класса с @SpringBootApplication.
2. Класс доступен в classpath.

Примеры:

• Класс будет найден (в зоне сканирования):

  @SpringBootApplication // Сканирует пакет com.example и вложенные
  public class App {}
  
  @Configuration // Находится в com.example.config
  public class MyConfig {}

• Класс НЕ будет найден автоматически (вне зоны сканирования):

  @Configuration // Находится в com.thirdparty.library
  public class ExternalConfig {}

  Для его регистрации потребуется явно импортировать его с помощью @Import(ExternalConfig.class) или использовать другие механизмы (например, BeanDefinitionRegistryPostProcessor).